Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO.

Поиск выбранного термина среди терминов GO

Результаты:

Термин: Superoxide dismutase — супероксиддисмутаза.
Идентификатор GO: GO:0004785
Количество синонимов: (родственное)1 — Цинковая супероксид оксидоредуктаза.
Определение термина Катализирует реакции: 2 Супероксид радикал + 2Н⁺ = O₂ + H₂О₂
Количество родителей:1 — связь is_a.

Количество дочерних терминов: 0. К сожалению, на полученном мной графе, представляющем родственные отношения всех хитов
найденных на запрос Superoxide dismutase, нет примеров связи part_of.
Связь is_a отличается от связи part_of тем, что родительский термин может не содержать дочерний в случае связи part_of, в то время как в случае связи is_a это всегда так.

Создание выборок белков с определенными функциями (поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)

Протеом Rattus norvegicus Результаты поиска в UniProt, 02.03.2006 г. "(((([uniprot-Organism:Rattus*] & [uniprot-Organism:norvegicus*]) | [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*]) & ((([uniprot-DBxref_:C:nucleus*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) | [uniprot-DBxref_:C:nucleus P: F:*])) & (([uniprot-DBxref_:TAS.*] | [uniprot-DBxref_:IDA.*]) ! (((((([uniprot-DBxref_:IMP.*] | [uniprot-DBxref_:IGI.*]) | [uniprot-DBxref_:IPI.*]) | [uniprot-DBxref_:ISS.*]) | [uniprot-DBxref_:IEP.*]) | [uniprot-DBxref_:NAS.*]) | [uniprot-DBxref_:IEA.*]))) "

Что искали:	Запрос	Найденное количество белков
Белки из данного организма (Rattus norvegicus)	"(([uniprot-Organism:Rattus] & [uniprot-Organism:norvegicus]) \| [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*]) "	14808
В т.ч. с идентификаторами всех 3-х онтологий GO	"((([uniprot-Organism:Rattus] & [uniprot-Organism:norvegicus]) \| [uniprot-Organism:Rattus norvegicus]) & ((([uniprot-DBxref:F:] & [uniprot-DBxref:C:]) & [uniprot-DBxref:P:]) > parent )) "	3154
В том числе локализованных в ядре	"((([uniprot-Organism:Rattus] & [uniprot-Organism:norvegicus]) \| [uniprot-Organism:Rattus norvegicus]) & ((([uniprot-DBxref:F:] & [uniprot-DBxref:C:nucleus]) & [uniprot-DBxref:P:]) > parent )) "	532
В том числе только лучшие (TAS и IDA )	"(((([uniprot-Organism:Rattus] & [uniprot-Organism:norvegicus]) \| [uniprot-Organism:Rattus norvegicus]) & ((([uniprot-DBxref:F:] & [uniprot-DBxref:C:nucleus]) & [uniprot-DBxref:P:]) > parent )) & ((([uniprot-DBxref:TAS.] \| [uniprot-DBxref:IDA.]) ! (((((([uniprot-DBxref:IMP.] \| [uniprot-DBxref:IGI.]) \| [uniprot-DBxref:IPI.]) \| [uniprot-DBxref:ISS.]) \| [uniprot-DBxref:IEP.]) \| [uniprot-DBxref:NAS.]) \| [uniprot-DBxref:IEA.*])) > parent )) "	27
В том числе только худшие (IEA)	"(((([uniprot-Organism:Rattus] & [uniprot-Organism:norvegicus]) \| [uniprot-Organism:Rattus norvegicus]) & ((([uniprot-DBxref:F:] & [uniprot-DBxref:C:nucleus]) & [uniprot-DBxref:P:]) > parent )) & (([uniprot-DBxref:IEA.] ! ((((((([uniprot-DBxref:IMP.] \| [uniprot-DBxref:IGI.]) \| [uniprot-DBxref:IPI.]) \| [uniprot-DBxref:ISS.]) \| [uniprot-DBxref:IEP.]) \| [uniprot-DBxref:NAS.]) \| [uniprot-DBxref:TAS.]) \| [uniprot-DBxref:IDA.*])) > parent )) "	388

В принципе все результаты логичны. Хороших — мало, плохих — много.
Могу предоставить интересное наблюдение: когда я первый раз делал данное задание (примерно 2 месяца назад) хороших доказательств было столько же, сколько и сейчас — 27, а вот худших (IEA) — на 45 больше))) на 45 больше, чем сейчас — действительно, проверить компьютерную аннотацию все-таки проще))) А вот собственно и объект: